Το πιο διάσημο νησί της Κρήτης, αυτό το βράχο φρούριο και φρούριο βρίσκεται στη βορειοδυτική είσοδο του κόλπου της Ελούντας. Το φρούριο χτίστηκε κατά την εποχή της Ενετοκρατίας χρησιμοποιώντας οικοδομικό υλικό από ένα αρχικό αρχαίο φρούριο.

Ιδρύθηκε το 1579 από τον Βενετό ευεργέτη Luca Michiel, όπως φαίνεται από την επιγραφή στο υπέρθυρο πάνω από την κύρια είσοδο. Αποτελούσε μέρος της οργάνωσης της άμυνας της Κρήτης, ιδιαίτερα κατά του επεκτατισμού των Τούρκων και των επιδρομών των πειρατών.

Όταν οι Ενετοί ηττήθηκαν και παρέδωσαν την υπόλοιπη Κρήτη στους Τούρκους, η Σπιναλόγκα μόνη της παρέμεινε εκτός του ελέγχου τους. Από το 1669 έως το 1715 ήταν καταφύγιο Ενετών, Χαϊνηδών και δραπετών.

Στη συνέχεια μέχρι το 1903 κατοικούνταν σχεδόν αποκλειστικά από μουσουλμάνους και όταν έφυγαν και αυτοί οι τελευταίοι κάτοικοι, ο τόπος έγινε αποικία λεπρών με εντολή της ελληνικής κυβέρνησης.

Η επιχείρηση αυτή ολοκληρώθηκε το 1957 και έκτοτε παρέμεινε ακατοίκητο στο έλεος του χρόνου μέχρι πρόσφατα που ξεκίνησε η αποκατάσταση των κτιρίων της. Τα δημόσια κτίρια, τα σπίτια και ο περιβάλλων τοίχος που αναπαλαιώνονται, αναζωογονούν την ιστορία του νησιού και γιορτάζουν την υπέροχη ομορφιά του φρουρίου, του ίδιου του νησιού και ολόκληρου του τοπίου.